传说中，溟主是上古巨兽鲲，拥有毁天灭地的力量，而启元宗为了谋取更多权力，竟信奉溟主为尊。洛家庄等门派为了拯救苍生，寻找溟主下落，却面临溟主失控的威胁。驭界枢的小桓接到任务，将祈封住记忆，送往人间历练，以寄托拯救苍生的希望。
在乌岩村，越今朝和越祈过着三年的相依为命的生活，但两人对身世的探寻一直无果。生辰之日，两人决定在盈辉堡街上分头寻找红衣男子。越祈遇到启元宗的诱惑，试图寻找身世的线索，而越今朝则依靠左眼未来的幻象找到了越祈。
在盈辉堡，越祈被启元宗教使孟诚欺骗，误信其推演身世的谎言。越今朝和越祈联手教训洛昭言，揭露启元宗的真实面目。两人决定与洛昭言联手对付启元宗，然而，越今朝告知越祈洛昭言正是她寻找的红衣男子。
越今朝深入启元宗内部，越祈在启元宗发现上古神兽鲲，引发了她莫名的熟悉感。然而，孟诚出卖了越今朝和越祈，将他们困在铁笼中。在启元宗内部的混战中，越祈与魂鱼融合，引起了高骁等人的误解，认为她就是溟主。而越今朝却无能为力，眼睁睁看着局势变得混乱不堪。
《神秘救世之旅：启元宗的危机》中，两位主角在探索身世的过程中陷入了启元宗的阴谋之中，而神秘的溟主力量也在悄然觉醒。
